Στη συλλογή του Μουσείου Κανελλοπούλου υπάρχουν περίπου 600 αρχαία νομίσματα, που χρονολογούνται από τον 6ο αι. π.Χ. έως τους ρωμαϊκούς χρόνους. Πρόκειται για νομίσματα που κόπηκαν σε ευγενή μέταλλα (χρυσό και άργυρο), αλλά και σε λιγότερο πολύτιμα, όπως ο χαλκός, ο μόλυβδος, ενώ δεν απουσιάζουν και αυτά από ήλεκτρο. Η συλλογή καλύπτει ένα ευρύ γεωγραφικό φάσμα ξεκινώντας από τις ελληνικές αποικίες της Μεγάλης Ελλάδας και της Σικελίας και φτάνοντας μέχρι τις κοπές των πιο απομακρυσμένων ελληνίδων πόλεων της Ασίας περνώντας από την ηπειρωτική Ελλάδα και τα νησιά του Αιγαίου, τη Μικρά Ασία, την Αίγυπτο και τη Συρία.
Στη μεγάλη τους πλειοψηφία, τα νομίσματα βρίσκονται σε εξαιρετική κατάσταση διατήρησης, ορισμένα από αυτά είναι πολύ σπάνια, ενώ άλλα προσφέρουν πολύτιμες πληροφορίες για την ιστορία της πόλης ή του βασιλείου που τα έκοψε. Ιδιαιτέρως πλούσια είναι η συλλογή σε νομίσματα των Μακεδόνων βασιλέων και των Διαδόχων τους στα ελληνιστικά βασίλεια, αλλά και σε κοπές της πόλης των Αθηνών. Μέσα από τη νομισματική συλλογή του μουσείου, ο επισκέπτης και ο μελετητής μπορεί να αποκτήσει μια αρκετά πλήρη εικόνα της νομισματοκοπίας κατά την Κλασική και κυρίως, την Ελληνιστική περίοδο, αφού κοπές αυτών των δύο περιόδων καλύπτουν πάνω από το 85% του συνόλου.
Το μουσείο έχει αναθέσει τη μελέτη των αρχαίων νομισμάτων της συλλογής στον Δρ Παναγιώτη Ιωσήφ (Επιμελητή του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης και Καθηγητή Αρχαίας Νομισματικής στο Radboud UniversiteitNijmegen της Ολλανδίας) και τη συνεργάτη του Αναστασία Περυσινάκη (διδακτορική φοιτήτρια στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών)».
